二周目开启后，玩家首先需要前往未白镇与博士对话，完成全国图鉴的升级。这一步骤是后续探索的基础，升级后的图鉴将显示更多宝可梦信息，并解锁跨地区交换功能。随后玩家会获得船票，用于前往对战开拓区，这是二周目的核心区域之一。对战开拓区包含七种不同规则的对战设施，每种设施都有独特的挑战机制和奖励系统。
完成基础准备后，玩家需要返回丰缘地区各城市触发新剧情。重点包括前往流星瀑布深处与希嘉娜对话，获取关键道具陨石碎片。这一系列任务会引导玩家前往天空之柱，在那里可以收服裂空座。天空之柱的攀爬过程较为复杂，需要熟练掌握自行车加速技巧。裂空座的收服是二周目重要节点，之后将解锁宇宙空间站剧情，玩家需要驾驶飞船前往太空击败代欧奇希斯。
二周目新增的隐藏要素主要集中在琉璃市和武斗镇。琉璃市会开放永恒之花相关任务线，需要收集特定材料制作无限能量。武斗镇的石之洞窟则新增了化石挖掘支线，玩家可以在此获得古代宝可梦的化石并复活。这些支线任务不仅提供稀有道具奖励，还能解锁特殊对战NPC，是完善图鉴的重要途径。
四天王和冠军的阵容在二周目会有显著强化，等级普遍提升10-15级，并调整了技能搭配。建议队伍中至少配备两只龙系或冰系宝可梦应对龙天王，同时准备电系技能针对冠军的暴飞龙。战斗前务必检查携带物品，特别是气息腰带和剩饭这类续航道具。通关后电视新闻会随机报道拉帝欧斯或拉帝亚斯的出没信息，这是收服水都兄妹的最佳时机。
对战开拓区的七个设施全部获得银象征后，可以挑战设施首领获取金象征。其中最复杂的是对战工厂，需要临时租用系统提供的宝可梦进行挑战，考验玩家对各类属性的理解。对战塔则推荐使用强化型战术，通过剑舞或冥想快速建立优势。全部金象征集齐会解锁特殊称号，并提高隐藏道具的出现概率。
二周目后期重点在于完成图鉴和收集全部TM技能。部分技能机如破坏光线和终极冲击需要通过连胜对战设施获得。全图鉴收集需要特别注意幻之宝可梦基拉祈的获取方式，以及古空棘鱼等古代宝可梦的特殊唤醒条件。最终完成度可通过训练师卡片上的星级进行验证，完美通关需要同时达成图鉴、对战设施和华丽大赛三项指标。
