击败四大天王并非旅程的终点。首先需要明确的是，战胜四大天王后，玩家将进入冠军殿堂的大门，与前联盟冠军展开最终对决。这场战斗的胜负直接决定玩家能否被记录为新的宝可梦联盟冠军。若成功击败前任冠军，大木博士会引导玩家进入房间完成冠军登记流程，游戏会保存通关记录并播放制作人员名单。部分玩家反映通关后出现黑屏或存档异常情况，这通常与模拟器设置或存档方式有关，建议使用游戏内保存功能而非模拟器即时存档。
通关主线剧情后，游戏会解锁七岛群岛的探索内容。玩家需返回枯叶市港口，使用之前获得的船票乘坐圣安奴号前往1号岛。在岛屿上可以触发火箭队残党相关支线任务，包括协助当地居民解决火箭队制造的问题，最终在7号岛获得解锁代欧奇希斯事件的关键道具。各岛屿分布着独特的野生宝可梦和训练师，其中1号岛灯火山顶可捕捉火焰鸟，3号岛森林深处存在需特殊条件触发的幻之宝可梦事件。
完成岛屿剧情后，玩家应着重推进图鉴收集工作。火红版全国图鉴包含386种宝可梦，其中三圣鸟（火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟）和超梦属于必须捕捉的传说宝可梦。闪电鸟位于无人发电厂深处，急冻鸟需在双子岛通过推石堵塞瀑布后出现，超梦则隐藏在华蓝洞窟最底层，需要掌握冲浪和攀瀑技能才能抵达。建议携带具备催眠或麻痹技能的宝可梦以提高捕捉成功率，同时准备充足的高级球和大师球。
对战开拓区是后期重要挑战场所，位于库斯市北部。该区域设有7种不同规则的对战设施，包括对战塔、对战工厂等，每个设施均提供独特的战斗模式。玩家需要组建多支战术各异的队伍应对不同规则，胜利后可兑换稀有道具和技能机器。部分设施要求宝可梦达到特定等级才能参赛，建议提前培养多种属性的备用队伍。
通过与特定NPC反复对话或调查特殊地点，能够触发诸如南国果实种植、神秘琥珀复活等支线。这些任务通常奖励进化石、特性胶囊等珍贵道具，部分任务还涉及幻之宝可梦的获取。建议定期与各城镇NPC交流，某些任务需要携带特定宝可梦或完成前置条件才会显现。
游戏内建有自动备份系统，但重要进度建议手动保存。若遇到剧情无法推进的情况，可检查是否遗漏关键道具或未达到触发条件，例如未击败特定训练师或未收集足够图鉴数量。系统要求至少登记60种宝可梦才能开启部分后期内容，因此捕捉常见野生宝可梦也是必要的准备工作。
