驾驶飞行器进行航行是游戏的核心玩法之一，玩家可以通过组建舰队、规划航线、优化舰船性能来实现星际探索。飞行器的航行能力受多种因素影响，包括舰船类型、引擎性能、能源管理以及航线规划。合理搭配这些要素，能够显著提升舰队的航行效率与战斗能力。
飞行器的驾驶首先依赖于舰船的选择与改装。游戏提供了数十种舰船类型，从轻型护卫舰到重型航母，每种舰船在速度、火力、防御和载重等方面各有侧重。玩家需根据任务需求调整舰队配置，例如探索任务需要高速舰船，而资源运输则需要大容量货舰。舰船的武器系统与动力模块可通过蓝图研究进行个性化改造，提升航行速度或作战能力。
能源管理与航线规划是决定航行距离的关键因素。飞行器的能源储备直接影响续航能力，玩家需平衡资源采集与消耗，避免因能源短缺中断航行。航线规划则需避开高威胁区域或障碍物，例如星际尘埃带或敌对势力范围，以减少不必要的战斗损耗。游戏中提供曲率航行功能，可大幅缩短远距离航行的耗时，但需提前部署计划圈作为中转点。
战斗与航行密不可分，玩家需在探索过程中应对突发战斗事件。舰队编组时需兼顾火力与防护，例如前排配置高防御舰船吸收伤害，后排部署输出型舰船。航行中遭遇敌对势力时，可借助地形或盟友支援提升胜率。采矿平台与前哨站的建设能为舰队提供资源补给与战略支点，进一步扩展航行范围。
无尽的拉格朗日中的飞行器航行是一个综合策略系统，玩家需通过舰船改装、资源管理、航线优化与战术配合实现高效探索。游戏并未设定绝对的航行限制，但合理运用机制才能突破潜在瓶颈。
