宠物盒子并非固定存在于某个具体地点，而是通过多种游戏内途径获取的特殊道具。玩家需要通过完成任务、参与活动或商店购买等方式获得不同类型的盒子，包括普通盒子、稀有盒子和特殊主题盒子。这些盒子能随机开出各类口袋妖怪宠物，是培养强力队伍的重要资源。
获取宠物盒子的主要途径集中在游戏流程的关键节点。完成主线任务和支线任务后，NPC通常会奖励普通盒子作为通关报酬。日常任务如击败特定训练师或捕捉指定种类妖怪，也能积累盒子获取机会。常磐市、尼比市等早期城市的商店会定期刷新盒子库存，但需消耗游戏币或现实货币购买。部分稀有盒子仅限特殊活动期间投放，例如节日庆典或限时挑战。
游戏中期开始，盒子获取与道馆挑战进度密切相关。击败华蓝市、枯叶市等道馆馆主后，会解锁对应地区的隐藏商人或特殊NPC，提供更高品质的盒子兑换服务。月见山、岩山隧道等迷宫区域埋藏着装有化石或稀有盒子的隐藏道具，需使用闪光、居合斩等秘传技能才能发现。圣安奴号游轮事件结束后，船长室会固定刷新一个特殊主题盒子。
盒子开启后的宠物培养需要系统规划。普通盒子开出的宠物虽基础属性较低，但通过升级和进化能获得优秀战力。稀有盒子产出的准神兽或特殊形态妖怪，需要针对性搭配技能机器和属性克制方案。彩虹市百货大楼顶层的技能教学服务，能有效弥补盒子宠物技能池的缺陷。建议在紫苑镇灵塔测试不同盒子宠物的实战表现，再决定培养优先级。
游戏后期盒子获取集中在七之岛区域。完成宝石任务后，四岛至七岛的隐藏洞穴会周期性刷新传说宝可梦盒子。火箭队仓库事件解决后，原先被封锁的仓库区域会出现包含超梦盒子的特殊补给点。建议在挑战联盟前系统整理已获得的盒子资源，合理分配用于队伍补强的妖怪类型。华蓝洞窟最深处固定存在一个大师球盒子，这是通关后最重要的盒子获取点。
