在口袋妖怪火红中获取进化石主要依靠特定地点的探索与剧情推进。超进化石（Mega石）等特殊进化道具通常分布在四之岛、火箭队基地及后期岛屿的隐藏区域。普通进化石如火之石、水之石等可通过击败训练师、探索山洞或与NPC互动获得。需部分进化石的获取需要先完成主线任务或解锁特定技能如冲浪、碎石等。
四之岛的培育屋区域是Mega石的重要获取地点，但需注意该区域存在精灵无法取回的BUG风险。普通进化石在月见山、红莲岛遗迹等场景也有概率出现，建议在探索时使用道具探测器辅助定位。部分商店会限量出售低级进化石，但高级种类如雷之石、叶之石仍需通过野外探索获取。发电厂、狩猎地带等特殊场景也可能隐藏稀有进化石。
剧情关联的进化石获取需要优先推进主线。例如在击败火箭队基地首领后，可在地下四层电梯附近拾取喷火驼的超进化石。岛屿之间的密码任务完成后，部分隐藏洞穴会开放，其中岩神柱洞穴需使用碎石技能开启通道，内部可能藏有钢系进化石。紫苑镇灵塔、双子岛冰窟等后期地图通常需要闪光术或冲浪技能才能触及隐藏道具。
联机交换是另一种补充方式，但非必要途径。若遇到NPC对话提及赠送宝石或交换道具，需确认是否为进化石相关任务。冠军之路的迷宫区域可能随机掉落进化石，但概率较低。最终建议结合图鉴提示系统性地探索全地图，避免遗漏关键区域。
优先完成岛屿任务并检查所有可交互场景，能有效提高收集效率。
