隧道探索是游戏进程中的重要环节，玩家需注意地形、道具获取、技能准备及敌方训练师的挑战。隧道内光线昏暗，需提前让宝可梦学会闪光技能以照亮环境，否则将难以辨认路径。部分区域存在单向通道或隐藏出口，需反复探索避免遗漏关键道具。隧道内野生宝可梦等级较高，建议携带足够伤药和解毒剂以应对突发战斗。
隧道内的机关设计往往与剧情推进相关，例如月见山的化石争夺事件或火箭队基地的电梯钥匙获取。玩家需留意NPC对话提示，部分道具如红宝石、观测镜等直接影响后续剧情解锁。岩山隧道中的推石谜题需按特定顺序操作，错误推动可能导致路径阻塞，需重新调整石块位置。隧道内训练师战斗无法回避，建议提前保存进度并合理分配队伍经验值。
技能机与秘传机的合理配置是隧道通关的核心策略。居合斩用于清除挡路树木，碎岩可破坏障碍物，而冲浪术则用于穿越水域区域。若未在尼比市获得跑鞋，移动速度较慢会延长探索时间。隧道内部分宝可梦具有地面或岩石属性，水系或草系技能能有效克制，队伍搭配需兼顾属性平衡与技能覆盖范围。
彩虹游戏厅的火箭队基地需连续调查垃圾桶触发机关，地下四层的坂木战斗是阶段性难点。紫苑镇宝可梦塔的幽灵系宝可梦需装备观测镜才能正常交战，此类特殊机制要求玩家在进入隧道前完成前置任务。七岛任务中的宝石收集需返回特定隧道重复探索，建议在首次通关时标记重要位置以便回溯。
